提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
创业台青在武汉:抓住元宇宙创新创业新机遇******
中新网武汉12月14日电 (武一力 董晓斌 张文婧)第六届“台湾青年看武汉 魅力江城随手拍”主题活动已在武汉启动。台青们14日走进武汉市元宇宙企业进行探访。
打开电脑,桌面上一位二次元虚拟主播呼之欲出,她能够捕捉到屏幕前用户的表情、动作、语音,与用户进行实时互动,可运用于直播、游戏等领域。位于武汉市洪山区的武汉幻核裂变信息科技有限公司是一家以内容制作、IP孵化、虚拟艺人直播、虚拟形象设计等业务为主的元宇宙文化科技公司,一个个逼真拟人的虚拟主播,让台青们深感元宇宙的魅力。
在武汉从事智能制造行业的台青黄邦杰表示,扎根武汉12年,他见证了这座城市科技创新能力的快速提升,元宇宙渐成风口。近年来,武汉加大对科技创新企业及人才的扶持力度,为在鄂台青提供了就业创业新赛道。
图为12月14日台青在武汉幻核裂变信息科技有限公司参观 董晓斌 摄今年11月,武汉发布《关于印发武汉市促进元宇宙产业创新发展实施方案(2022—2025年)的通知》。方案提出:力争到2025年,高水平建成2个以上元宇宙产业基地、3个以上元宇宙重点平台,打造50个以上元宇宙典型应用场景和项目,培育引进200个以上元宇宙创新企业,建成我国元宇宙创新发展先导区与核心区。
“元宇宙技术让我们能够探索前所未有的虚拟世界,同时也满足了对于异次元空间的想象。”武汉台资企业协会副会长王天山说。他表示,两岸的融合发展离不开新科技,而元宇宙技术正是当下两岸青年关注的共同话题。希望在武汉就业创业的台青抓住机遇,与大陆青年一起深入探索元宇宙。
据悉,“台湾青年看武汉 魅力江城随手拍”主题活动已历经六度春秋,成为汉台两地同心融合、共赢未来的亮丽名片。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |